Research expert in bioinformatica/biostatistiek - Leuven, België - KU Leuven

Beschrijving

De kandidaat dient te beschikken over een doctoraat in Bio-informatica, Biostatistiek of een equivalent daarvan, met uitgebreide expertise op het gebied van kanker- en borstkankerbiologie. Deze expertise moet zich uitstrekken van tumorinitiatie tot progressie, maar ook betrekking hebben op behandelingen voor borstkanker en mechanismen van resistentie.

Op het gebied van bio-informatica wordt verwacht dat de kandidaat kennis heeft van het verwerken van gegevens van next-generation sequencing, zowel op genomisch als transcriptomisch niveau, zowel op bulk- als op single-cell-resoluties, met specifieke ervaring in het karakteriseren van biomarkers en tumorprogressie.

Op het gebied van biostatistiek is expertise vereist in het analyseren van longitudinale en/of hiërarchische gegevens, evenals in het omgaan met overlevingsanalyses. Sterke expertise in gegevensbeheer en open wetenschap, met inbegrip van de concepten en implementaties ervan, is ook vereist. Er wordt verwacht dat de kandidaat minstens 10 jaar ervaring heeft in bio-informatica en 5 jaar in biostatistiek.

Daarnaast dient de kandidaat een sterke interesse te hebben in translationeel onderzoek in een multidisciplinair vakgebied, goede communicatieve vaardigheden te bezitten en bereid te zijn om de andere wetenschappers in het team te ondersteunen.

Naast het zijn van een echte teamspeler, wordt van de kandidaat verwacht dat hij/zij zeer gemotiveerd is, goed georganiseerd, een hoog niveau van zelfstandigheid heeft, een probleemoplossende instelling heeft en sterke analytische en technische vaardigheden bezit.

De kandidaat wordt verwacht vloeiend te zijn in zowel geschreven als gesproken Engels.

Als een research expert in bioinformatica/biostatistiek zal je een drievoudige rol hebben:

Ten eerste zul je wetenschappelijk betrokken zijn bij de uitvoering van verschillende projecten van het LTBCR. Je zorgt ervoor dat geavanceerde bio-informatica- en biostatistische benaderingen worden ontwikkeld en toegepast.

Ten tweede heb je de mogelijkheid om je eigen projecten en onderzoeksgebieden te verkennen of ontwikkelen, hetzij rechtstreeks, hetzij door de begeleiding van master en/of PhD studenten.

Ten derde coördineer je de bio-informaticatechnische inspanningen van het team, inclusief gegevensverzameling en -beheer, code en analyse ontwikkeling, stimulatie van de principes van open wetenschap en gebruik van de meest geavanceerde benaderingen. Je zult nauw samenwerken met het hoofd van het laboratorium en andere teamleden.

De ideale kandidaat is in staat om effectief samen te werken met collega's en bij te dragen aan een positieve teamdynamiek. Er is een hechte interactie met clinici, pathologen, alsook andere bio-informatici, technologietransferexperts en industriële partners. De kandidaat moet in staat zijn om zijn/haar werk zelfstandig te organiseren en problemen op te lossen, het grondig te documenteren en resultaten en ervaringen op een transparante en professionele manier te communiceren met het team of een breder wetenschappelijk publiek.

Er wordt verwacht dat de kandidaat actief deelneemt aan de strategische implementatie en valorisatie van het laboratorium, het appliceren voor fondsen, begeleiding van laboratoriumstudenten en wetenschappelijke conferenties.

Het laboratorium voor translationeel onderzoek (LTBCR), geleid door Prof. Desmedt, richt zich op drie onderzoeksdomeinen binnen borstkanker. Vooraleerst, wil LTBCR de relatie tussen borstkanker en adipositas ontrafelen. Er is een duidelijk toenemende proportie van vrouwen met overgewicht of obesitas. Bijgevolg is de impact van adipositas (een hoger vetpercentage in de lichaamssamenstelling) op borstkanker een toenemende bezorgdheid binnen de geneeskunde. Doch wordt bij het ontwikkelen van nieuwe gepersonaliseerde behandelingsstrategieën geen rekening gehouden met de impact van adipositas op de biologie, progressie en efficiëntie van therapieën bij borstkanker. In het laboratorium streven we ernaar om met behulp van geavanceerde technologieën potentiële strategieën te identificeren om de behandeling van borstkanker aan te passen op basis van adipositas. Ten tweede heeft het LTBCR als doel een betere karakterisering van lobulaire borstkanker te identificeren. Lobulaire borstkanker is het op één na meest voorkomende histologische subtype van borstkanker. Wij trachten de klinische, pathologische, immuun-, genomische en transcriptomische eigenaardigheden van deze ziekte verder te karakteriseren. Zo is het belangrijk te weten dat LTBCR een van de medeoprichters en medeleiders is van het European Lobular Breast Cancer Consortium, ELBCC. Ten slotte streeft het LTBCR ernaar om de progressie van borstkanker te ontrafelen door een diepgaande karakterisering van de metastasen. De oorsprong van uitgezaaide ziekte is onduidelijk en fylogenetische analyses kunnen de mogelijkheid bieden om de evolutie van borstkanker en de progressie beter te begrijpen. Bovendien ontbreekt nog steeds een gedetailleerde karakterisering van de intra-patiënt inter-metastatische heterogeniteit van de micro-omgeving van de tumor. Hiervoor hebben we een multidisciplinair post-mortem weefseldonatieprogramma opgezet, genaamd UPTIDER. Bij deze studie worden vloeibare en weefselmonsters afgenomen bij patiënten met uitgezaaide borstkanker in de eerste uren na overlijden. Dit biedt een ongekende en uiterst waardevolle reeks stalen voor onderzoek naar ziekteheterogeniteit, progressie en resistentie tegen behandeling.

Een dynamische en uitdagende onderzoeksomgeving in een jong team van enthousiaste onderzoekers waar kwaliteit, professionaliteit en teamgeest worden aangemoedigd.

De kans om actief bij te dragen aan onderzoek naar borstkanker.

Je zult voornamelijk worden begeleid door het hoofd van het laboratorium.

Een mooie locatie. Ons laboratorium bevindt zich op de Campus Gasthuisberg in Leuven, een charmante en bruisende universiteitsstad op slechts 20 minuten met de trein van Brussel.